Der Name Eggebek leitet sich aus dem 1352 erstmals erwähnten Egbek ab. Diese bedeutet Bach an der Kante. Die Gemeinde gehört zu den ältesten Kirchdörfern in der Schleswigschen Geest. Die Backsteinkirche wurde im 12. Jahrhundert im romanischen Baustil erbaut. Das Besondere ist der Apsis, da nicht viele norddeutsche Kirchen einen solchen aufweisen.

Seit 1960 wurde das Leben in Eggebek stark durch den Flugplatz geprägt, auf dem später das Marinefliegergeschwader 2 stationiert war. 2003 wurde unter dem damaligen Verteidigungsminister Struck das Geschwader aufgelöst.

Heute ist das ehemalige Bundeswehrgelände für die zivile Nutzung freigegeben.